Der Ursprung der Kerckhoff-Klinik liegt in der Vision des deutsch-amerikanischen Unternehmers William G. Kerckhoff, der aufgrund eines Herzleidens regelmäßig den schon damals bekannten Kurort Bad Nauheim besuchte. Der wohlhabende Unternehmer wollte einen Stiftungsfonds zur Förderung der Herzforschung ins Leben rufen. Bevor er dieses Vorhaben verwirklichen konnte, erlag Kerckhoff selbst seinem Herzleiden. Seine Ehefrau setzte seinen Plan um. Durch ihre großzügige Spende wurde im Jahr 1929 der Grundstein für ein Herzforschungsinstitut in Bad Nauheim gelegt.
Unter der Leitung von Professor Dr. Franz Groedel, einem engen Freund des Ehepaars Kerckhoff, erlangte das Institut schnell wissenschaftliche Anerkennung. Groedel, einer der Gründerväter sowohl der Deutschen Gesellschaft für Kardiologie als auch des American College of Cardiology, führte das Institut mit großem Erfolg, bis er in die USA emigrierte.
Im Jahr 1951 übernahm die renommierte Max-Planck-Gesellschaft die Leitung des William-Kerckhoff-Herzforschungsinstituts.
Im Jahr 1956 gründete man in unmittelbarer Nähe des Institutes die Kerckhoff-Klinik. PatientInnen konnten so schneller von den Errungenschaften der Forschung profitieren.
1972 wurde schließlich die Versorgung von Kur- und Rehapatient:innen nicht mehr fortgeführt und statt dessen das medizinische Leistungsspektrum zur Akutversorgung von Herzpatient:innen konsequent ausgebaut.
So wird zum Beispiel 1978 der Funktionsbereich Elektrophysiologie ins Leben gerufen. Hier finden unter anderem Patient:innen mit schweren Herzrhythmusstörungen Heilung. Seit 1988 ergänzt eine leistungsstarke kardiochirurgische Abteilung das medizinische Behandlungsspektrum. Neben der kardiologischen Abteilung wird sie die zweite bettenführende Abteilung der Klinik. Parallel zum Ausbau des Leistungsspektrums stiegen die Betten- und Patientenzahlen. Im Jahre 1979 wurden 3.000 Patient:innen stationär und 1.200 Patient:innen ambulant behandelt. Die Klinik verfügte über insgesamt 101 Betten, davon 9 Intensivbetten, die ausschließlich mit Akutpatient:innen belegt werden.
1999 erwirbt die Kerckhoff-Klinik GmbH die in unmittelbarer Nachbarschaft gelegene "Rheumatologie, Physikalische Medizin und Balneologie", die bis dahin zum Klinikum der Justus-Liebig-Universität gehörte. Beide Krankenhäuser werden in eine gemeinsame Stiftung überführt, die den Namen "Stiftung William G. Kerckhoff Herz- und Rheumazentrum Bad Nauheim" trägt. Die rheumatologische Abteilung wird zur dritten bettenführenden Abteilung der Kerckhoff-Klinik.
Im Januar 2008 wird das Versorgungsspektrum der Klinik ein weiteres Mal erweitert und um die Fachgebiete Pneumologie und Thoraxchirurgie ergänzt. Gemeinsam bilden sie das Lungenzentrum.
Das Spektrum der Klinik wird Ende 2014 mit der Übernahme des William Harvey Gefäßzentrum ein weiteres Mal vergrößert (Harvey Gefäßzentrum). Die Abteilungen Angiologie und Gefäßchirurgie ergänzen die bestehenden Abteilungen und ermöglichen eine interdisziplinäre Versorgung von herz- und gefäßkranken Patient:innen.
Neben den aktutmedizinischen Abteilungen vervollständigen seit 2010 eine Abt. f. Rehabilitationsmedizin sowie eine Abteilung f. Psychokardiologie das Spektrum der Klinik. Beide Abteilungen sind im Rehabilitationszentrum der Kerckhoff-Klinik in unmittelbarer Nähe des Akuthauses untergebracht.
Um die Qualität der Patientenversorgung weiter zu steigern, errichtete die Kerckhoff-Klinik GmbH in den Jahren 2002 bis 2005 für 27 Millionen Euro ein neues Krankenhausgebäude auf dem Gelände der mittlerweile abgerissenen Rheumatologie. Das neue Gebäude stellt eine topmoderne Patientenversorgung für alle Patient:innen sicher.
Im Jahr 2014 wird ein weiterer Bauabschnitt fertiggestellt. Der Gebäudeteil (Transplantationszentrum) verbindet das Hauptgebäude mit dem Gebäude der Herzchirurgie und bietet unter anderem Platz für eine eigene Transplantationsstation.
Durch die enge Verknüpfung mit der Max-Planck-Gesellschaft und zahlreichen Kooperationen mit Hessischen Universitätskliniken werden neueste wissenschaftliche Erkenntnisse in der Klinik patientenorientiert umgesetzt. Im Jahre 2000 eröffnete die Kerckhoff-Klinik das Franz-Groedel-Institut. Hier suchen Forschergruppen nach Möglichkeiten, mittels Gentechnik Herzkrankheiten zu heilen oder ihnen vorzubeugen. Die enge Verbindung der Kerckhoff-Klinik zur medizinischen Forschung und ihre Erfahrung in Verbindung mit hochmoderner Medizintechnik ermöglichen eine Vielzahl von Spezialisierungen wie sie sonst kaum verfügbar sind.